Причина в особенностях работы TWAIN драйверов сканера, в CuneiForm используются 2 режима передачи memory-buffered (режим по умолчанию) и memory-native. Раньше драйвера сканера не всегда реализовали оба, или один из них был не очень стабилен. Была ситуация когда это зависело и от производителя, и от версии драйвера. Сейчас у производителей промышленных сканеров (Fujitsu, Kodak и др.) поддерживаются все режимы, а у остальных производителей видимо ситуация с режимами передачи иногда остается нестабильной.

Лекарство:

Необходимо отредактировать файл face.ini, который находится в директории windows. Находим в файле ключ TWAIN_TransferMode и делаем его равным memory-native. То есть должно быть TWAIN_TransferMode=memory-native